प्रोबायोटिक्स के स्वास्थ्य लाभ न केवल उपयोग किए गए उपभेदों से संबंधित हैं, बल्कि खुराक से भी निकटता से जुड़े हुए हैं। वैज्ञानिक शोध से पता चलता है कि पर्याप्त मात्रा में सेवन करने पर प्रोबायोटिक्स केवल आंत में उपनिवेश बना सकते हैं, गुणा कर सकते हैं और नियामक प्रभाव डाल सकते हैं। यह उन्हें आंत के माइक्रोबायोटा में सुधार करने, पाचन और पोषक तत्वों के अवशोषण को बढ़ावा देने या प्रतिरक्षा बढ़ाने की अनुमति देता है। हालाँकि, प्रभावी खुराक तनाव के आधार पर भिन्न होती है। उदाहरण के लिए, कुछ उपभेद केवल कुछ सौ मिलियन जीवित कोशिकाओं के दैनिक सेवन पर सकारात्मक प्रभाव उत्पन्न कर सकते हैं, जबकि अन्य को ध्यान देने योग्य लाभ प्राप्त करने के लिए उच्च मात्रा की आवश्यकता होती है।
एक ही प्रकार के लिए, एक निश्चित सीमा के भीतर, एक उच्च खुराक आम तौर पर कम खुराक की तुलना में महत्वपूर्ण स्वास्थ्य लाभ उत्पन्न करने की अधिक संभावना होती है। हालाँकि, इसका मतलब यह नहीं है कि "अधिक हमेशा बेहतर होता है।" अनुशंसित खुराक से अधिक लेने से प्रभाव लगातार नहीं बढ़ेगा और इससे बर्बादी भी हो सकती है या, कुछ मामलों में, गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल असुविधा का खतरा बढ़ सकता है।
इसके अलावा, क्योंकि विभिन्न उपभेदों में अलग-अलग विशेषताएं और कार्रवाई के तंत्र होते हैं, केवल किसी उत्पाद में जीवित कोशिकाओं की संख्या की तुलना करना इसकी समग्र प्रभावकारिता का संकेत नहीं देता है। प्रोबायोटिक प्रभावशीलता का मूल्यांकन करने का एक अधिक वैज्ञानिक तरीका केवल मात्रा के बजाय विशिष्ट तनाव का समर्थन करने वाले नैदानिक साक्ष्य को संदर्भित करना है। उत्पादों का चयन करते समय, उपभोक्ताओं को नैदानिक अनुसंधान डेटा और आधिकारिक प्रमाणन के साथ उपभेदों पर ध्यान केंद्रित करना चाहिए, उच्च खुराक या जीवित जीवाणुओं की बड़ी संख्या का आँख बंद करके पीछा करने के बजाय अपनी व्यक्तिगत आवश्यकताओं के अनुकूल उत्पादों का चयन करना चाहिए।