खाद्य आव्यूहों में प्रोबायोटिक्स को शामिल करते समय ध्यान केंद्रित करने के लिए नौ चुनौतियां हैं। वे हैं: 1. तनाव चयन, 2. तनाव उत्पादन, 3. भोजन को कैसे टीका लगाया जाए, 4. प्रसंस्करण के दौरान अस्तित्व को कैसे सुनिश्चित किया जाए, 5. भंडारण के दौरान व्यवहार्यता के नुकसान से कैसे बचें, 6. [प्रोबायोटिक्स] कॉलोनी गिनती की गणना कैसे करें, 7। खाद्य संवेदी गुणों पर प्रभाव, 8. [उत्पाद का संरक्षण] उपभोक्ताओं के घरों में स्थिरता, 9. और जठरांत्र संबंधी मार्ग में एक भूमिका निभाते हैं।
विशेष रूप से, रस में, कार्बनिक एसिड अक्सर उत्पाद के पीएच को 4 से नीचे लाते हैं, जो प्रोबायोटिक्स के अस्तित्व को रोक देगा। चयन में, उन प्रोबायोटिक्स जो कम पीएच को सहन करते हैं, उन पर विचार किया जाना चाहिए, जैसे कि बिफिडोबैक्टीरियम पर लैक्टोबैसिलस।