हालाँकि प्रोबायोटिक्स को स्वास्थ्य के लिए फायदेमंद माना जाता है, कुछ लोगों के लिए, इन सूक्ष्मजीवों का प्रारंभिक अंतर्ग्रहण कई असुविधाजनक लक्षणों का कारण बन सकता है। पहली बार प्रोबायोटिक्स लेने पर, कुछ लोगों को सूजन, दस्त, सिरदर्द, बुखार, मांसपेशियों में दर्द, मस्तिष्क कोहरा और संभवतः चिंता जैसे लक्षण अनुभव हो सकते हैं। इन लक्षणों को शरीर में होने वाले परिवर्तनों की प्रतिक्रिया माना जाता है, जैसे संभावित रोगजनकों का निधन या आंतों की प्रतिक्रियाओं का पुनर्सक्रियन, इस घटना को कभी-कभी "हर्क्सहाइमर प्रतिक्रिया" कहा जाता है।
हेर्क्सहाइमर प्रतिक्रिया एक प्रारंभिक प्रतिक्रिया है जो आमतौर पर इंगित करती है कि शरीर एक नए माइक्रोबियल वातावरण के लिए अनुकूल हो रहा है। यह मौजूदा माइक्रोबियल समुदाय के साथ प्रोबायोटिक्स की बातचीत के कारण हो सकता है, जिससे बैक्टीरिया की मृत्यु हो सकती है या इन लक्षणों को ट्रिगर करने वाले मेटाबोलाइट्स की रिहाई हो सकती है। हालांकि असुविधाजनक, यह प्रतिक्रिया आमतौर पर अल्पकालिक होती है और जल्दी ही कम हो जाती है। इसे शरीर की होमियोस्टैसिस प्रक्रिया का हिस्सा माना जा सकता है।
यह आमतौर पर केवल कुछ ही लोगों को प्रभावित करता है, लक्षण हल्के होते हैं और आमतौर पर केवल कुछ दिनों से लेकर कुछ हफ्तों तक रहते हैं। यदि ये लक्षण आपको असहज करते हैं, तो आप दोबारा प्रयास करने से पहले अपनी खुराक कम कर सकते हैं या कुछ दिनों के लिए इसका उपयोग बंद कर सकते हैं; यदि ये लक्षण कुछ हफ्तों से अधिक समय तक बने रहें, तो इसका उपयोग बंद कर दें; यदि आपको सांस लेने में तकलीफ, गले में खराश, पित्ती, या अन्य एलर्जी संबंधी लक्षण हैं, तो कृपया इसका उपयोग तुरंत बंद कर दें। साइड इफेक्ट की संभावना को कम करने के लिए, विशेष रूप से संवेदनशील पाचन तंत्र वाले लोगों के लिए, थोड़ी मात्रा में प्रोबायोटिक्स से शुरुआत करना और फिर कुछ हफ्तों में खुराक बढ़ाना बुद्धिमानी है।
गंभीर प्रतिरक्षा कमियों वाले लोगों में प्रोबायोटिक्स का उपयोग विशेष सावधानी के साथ किया जाना चाहिए, क्योंकि दुर्लभ मामलों में, प्रोबायोटिक अंतर्ग्रहण से संक्रमण हो सकता है। ऐसा इसलिए है क्योंकि प्रतिरक्षा प्रणाली शरीर में सूक्ष्मजीवों के प्रसार को प्रभावी ढंग से नियंत्रित नहीं कर सकती है, जिससे संक्रमण का खतरा होता है।
कुछ लोगों को कुछ प्रकार के प्रोबायोटिक्स से एलर्जी हो सकती है, विशेष रूप से सैक्रोमाइसेस बौलार्डी से संबंधित यीस्ट से। अन्य प्रकार के प्रोबायोटिक्स, जैसे लैक्टोबैसिली, आमतौर पर एलर्जी प्रतिक्रियाओं को ट्रिगर नहीं करते हैं।
कुछ प्रोबायोटिक्स पाचन तंत्र में हिस्टामाइन का उत्पादन कर सकते हैं। अत्यधिक हिस्टामाइन रिलीज से खुजली, आंसू उत्पादन में वृद्धि, नाक बहना, सांस लेने में कठिनाई, लालिमा और सूजन जैसे लक्षण हो सकते हैं, खासकर हिस्टामाइन असहिष्णुता वाले लोगों के लिए। असुविधा से बचने के लिए इन प्रोबायोटिक उपभेदों से बचें।